La Iglesia San Leone de Pistoia es una de las joyas barrocas más importantes de Toscana y también recibe el nombre de Capilla Sixtina de Pistoia por sus magníficos frescos.
Los orígenes del edificio se remontan al 1379, cuando era la sede del oratorio de la congregación de sacerdotes seculares del Espíritu Santo de Pistoia. El prestigio de la congregación creció a lo largo de los siglos y sus fortunas económicas prosperaron hasta el punto de que en el Siglo XVIII ampliaron sus propiedades mediante la compra de terrenos adyacentes. Más tarde, los cofrades decidieron ampliar la estructura de la iglesia y decorarla de nuevo para hacerla más rica y cercana al gusto de la época. Los trabajos fueron confiados a Raffaello Ulivi, de Pistoia, y más tarde, entre los años 1753 y 1764, trabajó también Vincenzo Meucci, junto a Giuseppe Del Moro.
En 1764, la decoración fue completada por un artista boloñés, Mauro Tesi, que marca la transición entre los estilos Barroco y Neoclásico con las refinadas bóvedas de casetones de panales y los falsos bajorrelieves que representan episodios evangélicos en los que interviene el Espíritu Santo.
El espacio interior se embelleció completamente con pintura de imitación de mármol coloreado de todas las cornisas arquitectónicas, lo que engaña finamente al ojo del espectador haciéndole creer que se encuentra en un elegante salón aristocrático.
Las pinturas de los dos altares laterales de la nave, que aún se conservan, son del Siglo XVII y representan, a la izquierda, la Ascensión de Cristo, de Stefano Marucelli para la familia Bronconi, y a la derecha, la Resurrección de Cristo, de Giovanni Lanfranchi para la familia Arfaruoli. En los zócalos de los altares pueden verse los escudos de armas de las dos familias comitentes.
En 1773, después de 400 años, la congregación fue trasladada y el oratorio pasó a manos del seminario episcopal: fue entonces cuando la iglesia fue dedicada a San Leone Magno, patrono del seminario.