El convento de "Le Celle" de Cortona es uno de los primeros asentamientos franciscanos elegidos y deseados por Francisco de Asís.
En 1211, Francisco pidió y obtuvo un lugar donde retirarse a orar. Un joven noble de la ciudad, Guido Vagnottelli (que más tarde se convertiría en el "Beato Guido", uno de los primeros compañeros del Pobrecito de Asís) le ofreció lo que a principios del Siglo XIII debía de parecer un lugar duro y sobre todo desprovisto de cualquier asentamiento humano. Sin embargo, Francisco lo eligió por la soledad que le proporcionaba, pero sobre todo porque se ha manifestado ante su Señor.
El complejo, construido entre un estrecho valle, impresiona por la amenidad y espiritualidad del lugar. Las viviendas de los monjes y los edificios del monasterio están dispuestos "escalonados" a ambos lados del valle.
La pequeña iglesia del Siglo XIII se encuentra fuera del complejo. El interior de la iglesia presenta una disposición típica de las iglesias capuchinas, con una sola nave que termina en un presbiterio de acabado plano, ocupado por un grande altar de madera oscura, imponente pero sencillo, realizado por Remigio da Firenze en 1695 para albergar la Virgen con el Niño y Santos, realizada por Giovanni Marracci, originario de Lucca, pintada el año anterior, en 1694.
A la derecha, la Capilla de San Felice da Cantalice, construida por Margherita Venuti, llamada "la Papisa", en 1651; en el altar, se puede admirar la Virgen que ofrece el Niño a San Felice da Cantalice, de Simone Pignoni.
En el refectorio, una Deposición en madera de Giovanni da Rovezzano (1632).