A pesar de que Cosimo I de Medici protegió a los judíos de la Inquisición, fue bajo su mandato cuando comenzó la marginación, con la creciente presión del papado. Su postura contra los judíos y los heréticos favoreció en modo decisivo su coronación como Gran Duque de Toscana por el Papa Pío V.
El gueto de Florencia estaba situado en el cuadrilátero que hoy forman la Piazza della Repubblica, Via Roma, Via dei Pecori y Via Brunelleschi. Cosimo I de Medici encargó a Bernardo Buontalenti la reorganización de los espacios urbanos, cerrando callejones y erigiendo murallas con sólo dos puertas que se cerraban por la noche y de las cuales nadie podía salir. Sólo a unas pocas familias de prestamistas adineradas se les concedió el privilegio de seguir viviendo fuera del gueto. Los guetos de Florencia y Siena albergaron a casi todos los judíos de Toscana, los demás fueron expulsados.
En 1848, con la emancipación, se abolió la residencia coactiva, y la mayoría de las familias judías de mejor posición social se trasladaron a otros lugares, especialmente al nuevo barrio de Mattonaia, donde se construyó la nueva Sinagoga o Templo Israelita. Hoy no queda nada del gueto, ni siquiera en la toponimia.
En Florencia, es posible visitar tanto la Sinagoga con su museo judío -que expone fotografías, objetos ceremoniales y una reconstrucción plástica del gueto- como el monumental cementerio judío en viale Ariosto, justo fuera de las murallas. Este cementerio permaneció en uso hasta 1870, cuando se abrió uno nuevo en la zona Rifredi.
