Civitella Paganico se encuentra en Maremma, en la frontera entre los territorios de Siena y Grosseto: por esta razón el territorio se ve afectado por las tradiciones e influencias de ambas zonas.
El municipio está formado por varios centros: Paganico, Casenovole, Casale di Pari, Civitella Marittima, Dogana, Monte Antico, Pari. La sede del Municipio se encuentra en Civitella Marittima, un pueblo de antiguos orígenes etrusco-romanos, situado en una colina con vistas no sólo a Maremma sino también hacia Colli Senesi.
En el mismo período surgió también el núcleo de Pari, que pasó a lo largo de los siglos de la familia Ardengheschi al Municipio de Siena y luego al Gran Ducado de Toscana. Desde su espectacular posición se puede admirar el Valle Ombrone y el Valle Farma; además, se encuentra a pocos kilómetros de las Termas de Petriolo.