El pueblo de San Miniato está encaramado en una colina, muy cerca del río Arno y a medio camino entre Florencia y Pisa, que durante siglos lo han disputado. Los orígenes del centro, famoso por su deliciosa trufa blanca típica de su territorio, se remontan a la época etrusco-romana. En el castillo, a lo largo de los siglos, se alojaron muchas personalidades importantes como Federico Barbarroja y el Papa Gregorio V.
En la Edad Media, el pueblo, conocido como San Miniato al Tedesco, vivió un período de gran popularidad: Otón I de Sajonia, en el 962, la convirtió en uno de los centros de la administración imperial, mientras que Federico II de Suabia, en el 1218, la transformó en un centro de recaudación de tributos para Italia central.
San Miniato es también una de las etapas señaladas por Sigerico en su viaje de regreso a Canterbury, convirtiéndose así en una de las estaciones históricas de la Vía Francígena.