El territorio de Vaglia fue habitado desde la antigüedad: había asentamientos de la familia de Liguria de los Magelli y los Etruscos, antes de la dominación romana. En la Edad Media surgieron pueblos alrededor de las primeras parroquias, como aquella de San Pietro y es precisamente a partir de ese momento que se empezó a formar la estructura urbana que se sigue manteniendo actualmente.
El territorio, gobernado hasta el Siglo XIV por un obispo, con la formación de los municipios pasó a Florencia: fue incluido en el distrito de Santa Maria Novella, e incorporado en la Liga de Tagliaferro junto con los pueblos limítrofes como San Piero a Sieve. Apenas un siglo después, en el 1551, la Liga fue agregada al Vicariato de Scarperia y el destino de Vaglia siguió el de las grandes familias que reinaban en Florencia, incluidos los Medici hasta que se estableció un gobierno francés en la zona.