La Basilique de Sainte Marguerite se dresse à la lisière du centre historique de Cortona, dans une position élevée et à proximité de la Forteresse Girifalco. L'église date du XIVe siècle, mais son aspect actuel est dû à de nombreux travaux sur la structure, réalisés notamment au XIXe siècle.
La basilique est dédiée à la sainte patronne du village et se dresse là où se trouvait autrefois la petite église camaldule de Saint Basile. Endommagée au cours du XIIIe siècle, la petite église a été restaurée par Marguerite de Cortone elle-même, qui y trouva refuge et y passa les dernières années de sa vie. Après sa mort en 1297, son corps a été transféré dans une nouvelle église qui a été érigée à côté de l’église de Saint Basile en l’honneur de cette femme déjà considérée comme sainte. La construction a suivi le projet de Giovanni Pisano et les travaux se sont achevés en quelques années.
Au cours des siècles suivants, en particulier entre le XVIIIe et le XIXe siècle, l'église a subi des agrandissements et des modifications : deux nefs ont été ajoutées à la structure d'origine, lui donnant le plan typique d'une basilique, la façade a été refaite et les décorations intérieures ont été embellies suivant le style baroque.
Des traces du noyau initial de l'église subsistent encore aujourd'hui dans la rosace du XIVe siècle, le clocher et certaines croisées d'ogives. Les quelques traces de fresques médiévales de l'école siennoise sont conservées au Musée diocésain de Cortona, et l'on sait que les peintures originales comprenaient un cycle mural de 21 scènes aquarellées, attribué à la famille Lorenzetti.
À l’extérieur de l'église, il y a aujourd’hui trois portes et une rosace médiévale, surmontée d'une petite colonnade. À l'intérieur, les influences gothiques et romanes sont juxtaposées aux couleurs vives du style baroque. Sur les colonnes de la nef, vous pouvez voir quatre statues en plâtre représentant saint François, saint Ludovic, sainte Élisabeth et sainte Claire, réalisées par Giovanni et Amalia Duprè.
Au-dessus du maître-autel, une urne contenue dans un cadre en argent ciselé préserve le corps de Sainte Marguerite, placé à l'origine dans le transept gauche : on peut y admirer le monument funéraire sculpté au XIVe siècle, qui rappelle par son style les canons esthétiques de Giovanni Pisano, et un crucifix en bois qui, selon la tradition, est celui auquel Sainte Marguerite adressait ses prières.