L'Église des Saints Jean et Reparata, pourvue d’un Baptistère, a été construite au IVe siècle comme cathédrale de la ville de Lucques, et elle a conservé cette dignité jusqu'au VIIIe siècle. Rénovée à plusieurs reprises elle présente aujourd'hui une structure romane, dont il reste le portail de la façade, avec les importantes modifications du XVIIe siècle.
À l'intérieur, les trois nefs sont divisées par des colonnes aux chapiteaux composites remontant à l'époque romaine. Le clocher, construit en grande partie en brique et en pierre, se dresse à la jonction du transept et des bas-côtés.
Si le Baptistère avec sa coupole ogivale a été construit à la fin du XIVe siècle , la transformation la plus importante de l'édifice a eu lieu au XVIe siècle : les ouvertures latérales médiévales ont été remplacées par des sources de lumière modernes, la façade a été surélevée et un plafond à caissons a été construit.
La chapelle baroque dédiée à Saint Ignace, située sur le côté nord du bâtiment, date de la fin du XVIIe siècle. Entre 1840 et 1870, l'église est devenue un mausolée des gloires locales, abritant des tombes de personnes célèbres et des pierres commémoratives.
L’édifice a été adapté à musée pour permettre la visite des stratifications historiques, avec des vestiges de plusieurs bâtiments allant du Ier siècle avant J.-C. au XIIe siècle après J.-C., qui ont été mis en lumière par une campagne de fouilles qui a débuté en 1969. On y trouve les vestiges d'une domus romaine du 1er siècle avant J.-C., des thermes des Ier et IIe siècles après J.-C., une église et un baptistère paléochrétiens, des sépultures de la période lombarde, les vestiges d'un baptistère du haut Moyen Âge et une crypte carolingienne, ainsi que des fonts baptismaux décorés d'incrustations en marbre coloré.