Die Badia war vom Frühmittelalter bis ins Jahr 1028 die Kathedrale von Fiesole. Das Gebäude wurde in Laufe der Zeit mehrmals umgebaut, zunächst von den Kamaldulensermönchen, dann von den Benediktinern aus Montecassino und anschließend vom Augustinerorden. Ihr heutiges Erscheinungsbild geht auf das 15.Jh. zurück und entstand im Auftrag von Cosimo „dem Älteren“ de’ Medici, der den aus dem Jahr 1000 stammenden Bau erweitern ließ. An der Umgestaltung der Badia waren berühmte Architekten wie Brunelleschi und Michelozzo beteiligt.
Im Laufe der Jahrhunderte wurde die Kirche für unterschiedlichste Zwecke genutzt, unter anderem diente sie eine Zeit lang als Hospiz für unheilbare Kranken, die aus Florenz hierher gebracht wurden. Außerdem wurde sie von den Soldaten Karls V. als Kaserne genutzt und war zwischenzeitlich auch ein einfaches Wohnhaus. Heute ist hier ein Großteil des Europäischen Hochschulinstituts untergebracht.
Der Innenraum besteht aus einem Kirchenschiff mit Tonnengewölbe und verschiedenen Seitenkapellen. Von ihnen ist insbesondere die Kapelle der Verkündigung mit einem Gemälde von Raffaellino del Garbo erwähnenswert. Der Hauptaltar stammt aus dem Jahr 1610 und wird Giovan Battista Cennini zugeschrieben, der ihn nach einem Entwurf von Pietro Tacca schuf. Außerdem ist auf ein Relief aus der Schule des Jacopo della Quercia hinzuweisen sowie auf eine Kreuzabnahme von Botticini. Über den schönen Renaissance-Kreuzgang des antiken Klosters gelangt man ins Refektorium, das mit Fresken von Giovanni da San Giovanni aus dem 17.Jh. geschmückt ist.
Die Besonderheit der Kirche ist vor allem ihre Fassade im florentinisch-romanischen Stil mit den charakteristischen Streifen aus weißem und grünem Marmor, die sich auch im Baptisterium von Florenz und in der Kirche San Miniato al Monte wiederfinden.