Die Basilika Santa Margherita steht am Rande des Altstadtzentrums von Cortona auf einer Anhöhe und in unmittelbarer Nähe der Festung Fortezza del Girifalco. Die Kirche stammt aus dem 14. Jahrhundert, ihr heutiges Aussehen verdankt sie jedoch den zahlreichen Arbeiten, die insbesondere im 19. Jahrhundert an dem Gebäude vorgenommen wurden.
Die Basilika ist der Schutzpatronin der Stadt gewidmet und steht an der Stelle, an der sich früher die kleine Kamaldulenserkirche San Basilio befand. Die im 13. Jahrhundert beschädigte kleine Kirche wurde von der heiligen Margareta von Cortona selbst restauriert, die sich hier zum Gebet zurückzog und die letzten Jahre ihres Lebens verbrachte. Nach ihrem Tod im Jahr 1297 wurde neben der Kirche San Basilio zu Ehren der Heiligen eine neue Kirche geweiht, in die ihre sterblichen Überreste übertragen wurden. Die Bauarbeiten folgten dem Entwurf von Giovanni Pisano und wurden innerhalb weniger Jahre abgeschlossen.
In den folgenden Jahrhunderten, vor allem zwischen dem 18. und 19. Jahrhundert, wurde die Kirche erweitert und umgebaut: Die ursprüngliche Struktur wurde um zwei Schiffe erweitert, wodurch sie den typischen Grundriss einer Basilika erhielt, die Fassade wurde neu gestaltet und die Innendekoration im Barockstil verschönert.
Spuren des frühen Kerns der Kirche sind heute in der Rosette aus dem 14. Jahrhundert, dem Glockenturm und einigen Kreuzgewölben erhalten. Die wenigen Reste der mittelalterlichen Fresken der sienesischen Schule sind im Diözesanmuseum in Cortona erhalten, wobei wir heute wissen, dass zu den ursprünglichen Gemälden auch ein Wandzyklus mit 21 Aquarellszenen gehörte, der der Familie Lorenzetti zugeschrieben wird.
Das Äußere der Kirche besteht heute aus drei Toren und einer mittelalterlichen Rosette, die von einer kleinen Kolonnade überragt wird. Im Inneren stehen gotische und romanische Einflüsse den leuchtenden Farben des Barock gegenüber. An den Säulen des Kirchenschiffs befinden sich vier Gipsstatuen von Giovanni und Amalia Duprè, die den Heiligen Franziskus, den Heiligen Ludwig, die Heilige Elisabeth und die Heilige Klara darstellen.
Über dem Hochaltar bewahrt eine Urne in einem ziselierten Silberrahmen den Leichnam der heiligen Margareta auf, der ursprünglich im linken Querschiff aufbewahrt wurde: Hier kann man das im 14. Jahrhundert geschnitzte Grabdenkmal bewundern, das im Stil an die ästhetischen Kanons von Giovanni Pisano erinnert, sowie ein hölzernes Kruzifix , das der Überlieferung nach dasselbe ist, vor das sich die heilige Margareta zum Gebet zurückzog.