Das Diözesanmuseum von Cortona beherbergt eine Sammlung von Meisterwerken aus den Kirchen und Klöstern in Cortona und der Diözese. Es ist im Sitz der Jesus-Bruderschaft aus dem 16. Jahrhundert untergebracht, der aus zwei übereinandergelagerten Kirchen besteht: der oberen Jesu-Kirche, mit einer wunderschönen Holzdecke, und dem Oratorium, das 1555 von Cristofano Gherardi, genannt Doceno, nach einer Zeichnung von Giorgio Vasari mit Fresken bemalt wurde, die Szenen des Alten und Neuen Testaments darstellen.
Mit zwei seiner eigenhändig ausgeführten Werke und weiteren Gemälden, die vom Meister in Zusammenarbeit mit der Werkstatt ausgeführt wurden, wie zum Beispiel der Beweinung Christi und die Kommunion der Apostel, huldigt die Sammlung insbesondere dem hier geborenen Genie Luca Signorelli.
Zu den ausgestellten Werken gehören die Meisterwerke des Beato Angelico, wie die Verkündigung Mariä und ein Polyptychon mit der Madonna und den Heiligen, aber auch das Kreuz des Lorenzetti, das Triptychon des Sassetta, Mariä Himmelfahrt des Bartolomeo della Gatta, die Verzückung der Heiligen Margareta des Crespi, das Reliquienbehältnis Vagnucci und das Parato Passerini, ein herrliches Parament der Pontifikalzeremonie des 16. Jahrhunderts, das für den Kardinal Silvio Passerini nach einer Zeichnung des Rafaellino del Garbo und des Andrea del Sarto angefertigt wurde.
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