Die Geschichte der Kirche San Iacopo in Altopascio änderte sich 1988, als die Überreste eines früheren Gotteshauses aus dem späten 11. Jahrhundert gefunden wurden. Aus den Funden – die Teile der Fassade und der Apsis umfassten – lässt sich ableiten, dass das ursprüngliche Gotteshaus kleiner war als das in der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts erbaute. Der schöne zinnenbewehrte Glockenturm kann genau auf 1280 datiert werden.
In der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts wurden bedeutende Restaurierungsarbeiten durchgeführt, bei denen das Dach der Kirche durch ein Kreuzgewölbe ersetzt, das Portal erneuert und das gesamte Gebäude wieder verputzt und der Bodenbelag ersetzt wurde. Die Öffnung einer mit buntem Marmor verzierten Tür auf der Südseite stammt aus dem 16. Jahrhundert. Als zwischen dem 16. und 17. Jahrhundert die Bevölkerung von Altopascio wuchs, wurde das Taufbecken eingerichtet.
Zwischen 1827 und 1830 - nach der Schließung des von Großherzog Pietro Leopoldo gewollten Krankenhauses - wurde die Kirche vollkommen umgebaut, ihre Ausrichtung geändert und das mittelalterliche Gebäude in das Querschiff des Neubaus umgewandelt. Der Altar und die Kanzel gingen verloren, der Boden wurde entfernt und die Gewölbe wurden zerstört. Seitdem ist das Gebäude so, wie wir es heute sehen, obwohl 1995, als der Platz vor der alten Fassade neu gestaltet wurde, der Komplex unzweifelhaft saniert wurde.