Das Kloster „Le Celle“ in Cortona ist eine der ersten franziskanischen Niederlassungen, die von Franziskus von Assisi gewählt und gewünscht wurden.
Im Jahr 1211 bat Franziskus um einen Ort, an den er sich zum Gebet zurückziehen konnte, und erhielt ihn. Ein junger Adliger aus der Stadt, Guido Vagnottelli (der später der „Selige Guido“ werden sollte, einer der ersten Gefährten des „Poverello“ von Assisi), bot ihm das an, was zu Beginn des 13. Jahrhunderts als karger und vor allem von jeglichen menschlichen Ansiedlungen freier Ort erscheinen musste. Franziskus wählte ihn wegen der Einsamkeit, die er ihm bot, dennoch, vor allem aber, weil er seinen Herrn besonders gut zum Ausdruck brachte.
Der Komplex, der über einem engen Tal erbaut wurde, beeindruckt durch die Anmut und Spiritualität des Ortes. Die Wohnungen der Mönche und die Klostergebäude sind stufenförmig auf beiden Seiten des Tals angeordnet.
Die kleine Kirche aus dem 13. Jahrhundert befindet sich außerhalb des Komplexes. Das Innere der Kirche hat den für Kapuzinerkirchen typischen Grundriss mit einem einzigen Schiff, das in einem flach auslaufenden Presbyterium endet, in dem sich ein großer, imposanter, aber schlichter Altar aus dunklem Holz befindet, der 1695 von Remigio da Firenze angefertigt wurde, um die Madonna mit Kind und Heiligen von Giovanni Marracci aus Lucca zu beherbergen, die im Jahr zuvor, 1694, gemalt wurde.
Rechts befindet sich die Kapelle von San Felice da Cantalice, die 1651 auf Geheiß von Margherita Venuti, genannt „la Papessa“, die Päpstin, erbaut wurde. Auf dem Altar die Madonna, die San Felice da Cantalice das Kind darbringt, ein Werk von Simone Pignoni.
Im Refektorium befindet sich eine hölzerne Kreuzabnahme von Giovanni da Rovezzano (1632).