Die Kirche San Francesco befindet sich im ältesten Teil der Stadt Prato und wurde 1282 erbaut, als die Gemeinde dieses Land den Minderbrüdern schenkte, die hier ein Kloster und eine kleine Kirche errichteten, die als erste in der Provinz Prato aus Ziegeln und nicht aus Stein gebaut wurde. Die Fassade blieb in zweifarbigen Streifen aus weißem Alberese und grünem Serpentino bestehen, während der Renaissance kamen das elegante Portal und das dreieckige Tympanon mit dem Relief der Stigmata des Heiligen Franziskus von Andrea della Robbia hinzu.
In dem einschiffigen Innenraum mit hölzernem Dachstuhl sticht die steinerne Serena-Kanzel aus dem 15. Jahrhundert hervor, auf der sich eine Tafel mit dem Monogramm Christi aus dem Jahr 1400 befindet. Über dem Altar befindet sich ein polychromes Holzkruzifix aus dem 14. Jahrhundert, das von dem Kaufmann Francesco Datini gestiftet wurde. Der weiße Marmorgrabstein auf dem Kirchenboden zeigt den edlen Spender in einem kunstvollen gotischen Tabernakel.
Von der Kirche aus gelangt man in den Renaissance-Kreuzgang und auf der Ostseite öffnet sich die Migliorati-Kapelle, die auch als Kapitel des Heiligen Franziskus oder Kapitelsaal der Brüder bekannt ist und als das wichtigste malerische Werk der Renaissancezeit in Prato gilt. Die wunderschöne Kapelle ist das Werk des florentinischen Malers Niccolò Gerini, eines Anhängers der Schule Giottos, der um 1400 von der mächtigen Familie Migliorati mit der Ausmalung der gesamten Kapelle beauftragt wurde.
In allen vier Segmenten des Gewölbes sind die Figuren der Evangelisten mit leuchtenden Pinselstrichen dargestellt, während die Lünette an der Ostwand die Kreuzigung zeigt, die als eindrucksvollste Darstellung leider auch am schlechtesten erhalten ist.
Die Migliorati-Kapelle, die von den Einwohnern auch als „Scrovegni-Kapelle von Prato“ bezeichnet wird, ist ein symbolträchtiger Ort der Stadt Prato.