San Michele Arcangelo im historischen Zentrum von Paganico wurde zwischen 1297 und 1345 vom Humiliatenorden erbaut, der im Ort ein Kloster unterhielt. Die Kirche mit rechteckigem Grundriss, deren Chor und Kampanile sich auf der Rückseite befinden, wurde im Laufe der Jahrhunderte immer wieder umgebaut. In ihrem Inneren befinden sich zahlreiche kostbare Kunstwerke.
An der Wende zum 18. Jahrhunderte wurde das Gotteshaus mit zahlreichen Barockaltären ausgestattet, die jedoch die Fresken Sienesischer Schule überdeckten.
Erst bei den bis in die 1960er Jahre durchgeführten Restaurierungsarbeiten kamen sie, bzw., was von ihnen geblieben war, wieder zum Vorschein: Der Freskenzyklus von 1368, der die Wände und das Gewölbe des Chors schmückt, sticht im Panorama der mittelalterlichen Malerei der Maremma durch seinen künstlerischen Wert hervor.
Das Werk des sienesischen Malers Biagio di Goro Grezzi stellt die Geschichte des Erzengels Michael, die Verkündigung, und Jesu Christi Geburt in einem Stil dar, der an den großen sienesischen Maler Ambrogio Lorenzetti erinnert.
Besonders interessant sind überdies die Allegorien des Jenseits, die Figuren der vier Evangelisten und eine Reihe von weiblichen Heiligen. Den Hochaltar schmückt Guidoccio Cozzarellis Gemälde Thronende Madonna mit Heiligen aus dem Quattrocento. Erwähnenswert ist zudem ein großes hölzernes Ziborium, das elegante Heiligenbilder schmücken, ein Werk des sienesischen Künstlers Bartolomeo Neroni, genannt “il Riccio”, der Mitte des 16. Jahrhunderts in diesem Gebiet sehr aktiv war.
Die Kirche beherbergt aber noch weitere Werke, darunter ein kürzlich restauriertes Kruzifix aus polychromen Holz aus dem 15. Jahrhundert, das von der örtlichen Glaubensgemeinschaft besonders verehrt wird.