Die nur zwei Gehminuten von der Piazza Duomo entfernte ehemalige Kirche San Salvatore stellt eines der ältesten Gotteshäuser der Stadt Pistoia dar. Sie wird bereits im 10. Jahrhundert erwähnt, doch 1784 beschloss Bischof Scipione de' Ricci, die Pfarrkirche aufzuheben, die dann 1807 für Gottesdienste geschlossen wurde. Nach jahrelanger Aufgabe wurde das Gebäude umfassend restauriert und öffnete im Jahr 2022 seine Tore erneut, um als Ausstellungsort zu dienen.
Die Ausstattung, die sich auf einen einzigen großen Raum konzentriert, ermöglicht eine Reise durch die Geschichte des ältesten Kerns der Stadt anhand der Ausstellung von Werken, die bisher in den Depots der Städtischen Museen aufbewahrt wurden (z. B. eine Amphore die auf das erste bis zweite Jahrhundert v. Chr. Datiert wird.), sowie neuen und unerwarteten Entdeckungen. Denn sorgfältige Restaurierungsarbeiten und die Ausgrabungen haben die Überreste der frühesten Phasen der Kirche ans Licht gebracht, mit interessanten aus der Römerzeit und dem Frühmittelalter stammenden Stücken. Ein Teil der Baugrube des ersten Mauerrings aus der Zeit der Langobarden (8. Jahrhundert n. Chr.) wurde ebenfalls freigelegt.
Einer Überlieferung aus dem 17. Jahrhundert zufolge wurde der römische Senator Catilina, der für seine berühmte Verschwörung bekannt war und in den Apenninen von Pistoia besiegt wurde, am Fuße des Tabernakels der Kirche begraben, der noch heute an der Außenseite in der Via Tomba di Catilina zu sehen ist. Bei der Restaurierung des Tabernakels wurden Teile von Fresken und Reste von Gebäuden aus dem zweiten oder ersten Jahrhundert v. Chr. entdeckt. Zu den außergewöhnlichsten Entdeckungen gehört jedoch die eines unvollständigen Freskos: die Klage über den toten Christus, die auf das Ende des 13. Jahrhunderts zu datieren ist und dem Kreis von Lippo di Benivieni zugeschrieben wird, einem bedeutenden Maler, der zwischen 1296 und 1320 in Florenz dokumentiert ist.
Schließlich wurden in einem Tongefäß vergrabene Stoff- und Schwammfragmente, Münzen, Asche und ein winziger Elfenbeinwürfel gefunden, die höchstwahrscheinlich mit einem Ritual zur erneuten Weihe aus dem Jahr 1580 zusammenhängen.
Mit der Gründung des Museums San Salvatore erhält der Kreis der „Museen von Pistoia“ seinen vierten Standort, ein wichtiger Raum neben dem Palazzo Buontalenti, dem Palazzo de' Rossi und dem Antico Palazzo dei Vescovi.