La Chiesa di San Giovanni Fuorcivitas è detta così perché è collocata fuori dal nucleo originario della città di Pistoia, che nel Medioevo corrispondeva alla prima cerchia muraria. Probabilmente il sito era occupato in origine da una chiesa costruita dai Longobardi che, una volta convertiti al cattolicesimo, vollero dar prova della loro fede dedicando al Santo apostolo un nuovo luogo di culto.
La costruzione del nuovo edificio iniziò nel XII secolo, secondo i canoni dell’architettura romanica. La chiesa infatti si presenta come un complesso riccamente decorato da marmi dicromi.
Il lato nord è caratterizzato da arcate cieche e da due ordini di loggette: al centro spiccano l’arco e l’architrave scolpita dal maestro Gruamonte, che raffigurò le scene dell’Ultima Cena. Questa facciata è coperta da lunghe linee orizzontali bianche e verdi, in marmo bianco e serpentino di Prato, che costituiscono la parte più caratteristica delle decorazioni esterne della chiesa e che possono essere ricondotte alla scuola pisana. Splendido anche il chiostro in pietra e cotto, con ornamento di maioliche.
Durante il Trecento, la Chiesa di San Giovanni si arricchì con i lavori dei migliori artisti del tempo: Fra' Guglielmo da Pisa che scolpì i rilievi del pulpito con le Storie di Cristo e della Vergine, impreziosite da paste vitree policrome e da rifiniture cromatiche, Giovanni Pisano che lavorò molto probabilmente all’acquasantiera marmorea posto al centro della navata, Taddeo Gaddi che dipinse il polittico con la Madonna in Trono tra i santi Jacopo, Giovanni Evangelista, Pietro e Giovanni Battista. Inoltre la chiesa è arricchita dai capolavori di Luca Della Robbia, in particolare da un gruppo in terracotta invetriata bianca che rappresenta la Visitazione.