La chiesa e convento di Chiesa di Sant'Ignazio di Loyola di Pistoia fu edificata nel 1647 per iniziativa della famiglia Rospigliosi, su disegno dell'architetto gesuita Tommaso Ramignani. L’imponente facciata in filari di pietra grezza e i sontuosi arredi hanno fatto di questa chiesa una delle più belle e frequentate della cittadina toscana. Questo edificio e il collegio attiguo, che si trovano davanti a Palazzo Rospigliosi, accoglievano la comunità dei gesuiti che si era insediata a Pistoia nel 1635.
Giulio Rospigliosi, poi papa Clemente IX, promosse molti interventi per abbellire gli interni, servendosi dei maggiori artisti toscani dell’epoca: nel 1688 Gian Lorenzo Bernini fu incaricato di progettare l’altare maggiore, sopra il quale venne posta la grande tela di Pietro da Cortona con l’Apparizione di Cristo a Sant’Ignazio. Altra opera di notevole valore è la tela di Ludovico Gimignani con la Vergine e Cristo in gloria insieme a San Liborio, San Domenico, Santa Lucia e altri Santi, presente nella principesca cappella della famiglia Rospigliosi.
Con la soppressione dell’ordine dei gesuiti nel 1783 la chiesa sopravvisse come prioria fino agli anni Sessanta del Novecento, quando i dissesti geologici che ne avevano destabilizzato le strutture, ne consigliarono la chiusura. Negli anni Ottanta, dopo lunghi e complessi lavori di ristrutturazione Spirito Santo venne riaperto. Turisti e residenti, oltre a riscoprire i pregevoli capolavori degli artisti barocchi, ebbero l’opportunità di ammirare il grande organo Hermans del 1664, collocato sulla parete sinistra dell’edificio.
Guglielmo Hermans, gesuita, nacque nel 1601 a Thorn, vicino a Maastricht, nel Limburgo Olandese. Dopo aver appreso l’arte organaria nelle Fiandre e in Francia, giunse in Italia dove riparò, ingrandì e costruì ex novo molti organi sparsi nelle chiese e nei conventi della Penisola. Hermans riuscì a fondere con tecnica mirabile le sonorità complementari dell’organo nordico con quelle dell’organo classico italiano. Lo strumento conservato nella chiesa dello Spirito Santo è incorniciato da una grande cassa lignea intagliata e decorata a foglie d'oro; la particolarità dello strumento consiste nei suoi timbri straordinari e nella estrema perizia con cui venne costruito, presa a modello dai maestri organari della città nelle epoche successive.