La Chiesa di San Francesco si trova nella parte più antica di Prato e fu costruita nel 1282, quando il comune donò questo terreno ai frati minori che vi edificarono un convento e una piccola chiesa, la prima del territorio ad essere realizzata in mattoni anziché in pietra. La facciata rimane però a fasce bicrome di alberese e serpentino, con l'aggiunta nel rinascimento dell'elegante portale e del timpano triangolare con il rilievo le Stimmate di San Francesco di Andrea della Robbia.
Nell'interno, a una navata con copertura a capriate lignee, spicca il pulpito in pietra serena del XV secolo su cui si trova la tavola del 1400 del Monogramma di Cristo. Sopra l'altare è posizionato il Crocifisso trecentesco in legno policromato donato dal mercante Francesco Datini, la cui lastra tombale in marmo bianco, che si trova sul pavimento della chiesa, lo raffigura in un elaborato tabernacolo gotico.
Dall'edificio si accede al chiostro rinascimentale e sul lato orientale si apre la Cappella Migliorati, altrimenti nota come Capitolo di San Francesco o Sala del Capitolo dei Frati, la principale realizzazione pittorica rinascimentale a Prato. Il capolavoro fu opera del pittore fiorentino Niccolò Gerini, seguace della scuola giottesca, che su commissione della potente famiglia Migliorati, nel 1400 circa, affrescò interamente la cappella.
Tutti e quattro gli spicchi della volta rappresentano le figure degli Evangelisti con pennellate di acceso cromatismo, mentre la lunetta della parete orientale ospita la Crocifissione, la raffigurazione più imponente, purtroppo anche la più deteriorata.
Soprannominata dagli abitanti come “la cappella degli Scrovegni di Prato”, la Cappella Migliorati è un luogo simbolo della città.