La Chiesa di San Michele Arcangelo fu costruita nel centro storico di Paganico dall’ordine degli Umiliati, che avevano un convento in paese. Eretta fra il 1297 e il 1345, la chiesa si presenta a pianta rettangolare, con il coro e il campanile sul retro, ed è stata più volte ristrutturata nel corso dei secoli.
A cavallo del Settecento, l’interno venne arredato con numerosi altari barocchi, che andarono a coprire gli affreschi di scuola senese. Solo i recenti restauri, conclusi negli anni Sessanta del secolo scorso, hanno riportato alla luce i dipinti o ciò che ne rimaneva. Lungo le pareti e la volta del coro, si trova un ciclo di affreschi risalente al 1368, di grande valore artistico nel panorama della pittura maremmana medievale. Opera del senese Biagio di Goro Grezzi, gli affreschi raffigurano le Storie di San Michele Arcangelo, l’Annunciazione e la Natività con uno stile che richiama il grande artista Ambrogio Lorenzetti.
Oltre al ciclo di affreschi, nell’edificio si possono ammirare diverse opere d’arte, come la Madonna col Bambino in trono e i Santi Giovanni Battista, Michele, Gregorio Magno e Sebastiano, realizzata tra il 1470 e il 1480 da Andrea di Niccolò, o il bel Crocifisso quattrocentesco in legno policromo, recentemente restaurato e molto venerato dalla comunità. Molto interessanti sono anche le Allegorie dell’Oltretomba, le figure dei Quattro Evangelisti e una serie di Sante.
Sull’altare maggiore si trova inoltre la pala quattrocentesca di Guidoccio Cozzarelli, con la Madonna in trono e Santi. Da segnalare è anche un grande ciborio in legno, decorato con eleganti immagini di figure sacre, opera del senese Bartolomeo Neroni detto “il Riccio”, molto attivo in questi territori a metà del Cinquecento.