Il convento de “Le Celle” di Cortona costituisce uno dei primi insediamenti francescani scelto e voluto da Francesco di Assisi.
Nel 1211 Francesco domandò ed ottenne un luogo nel quale potersi ritirare in preghiera. Un giovane nobile della città, Guido Vagnottelli (che poi diventerà il “Beato Guido”, uno dei primi compagni del Poverello di Assisi) gli offrì quello che agli inizi del XIII sec. doveva apparire un luogo aspro e soprattutto privo di qualsivoglia insediamento umano. Francesco tuttavia lo scelse per la solitudine che gli donava, ma soprattutto perché particolarmente espressivo del suo Signore.
Il complesso, costruito a cavallo di una stretta valle, è molto suggestivo per l'amenità e la spiritualità del luogo. Le abitazioni dei frati e i locali conventuali sono disposti "a gradoni" su entrambi i versanti della valle.
La chiesetta duecentesca è esterna al complesso. L'interno di essa si presenta in un assetto tipico delle chiese cappuccine, a navata unica terminante con un presbiterio a terminazione piatta, occupata da un grande altare di legno scuro, imponente ma semplice, eseguito da Remigio da Firenze nel 1695 per ospitare la Madonna col Bambino e santi del lucchese Giovanni Marracci, eseguita l'anno prima, nel 1694.
Sulla destra è la cappella di San Felice da Cantalice, fatta erigere da Margherita Venuti, detta "la Papessa", nel 1651; sull'altare, la Madonna che offre il Bambino a San Felice da Cantalice di Simone Pignoni.
Nel refettorio, una Deposizione lignea di Giovanni da Rovezzano (1632).