Il Museo della Badia di San Salvatore a Vaiano illustra la vita dei monaci della Badia e la funzione religiosa, sociale ed economica del monastero nel territorio. Il monastero di San Salvatore, sorto probabilmente tra VIII e IX secolo sul luogo di un primitivo villaggio longobardo, presenta interessanti strutture di epoca medievale (la chiesa romanica e la torre campanaria del XII-XIII secolo), di epoca rinascimentale (il chiostro) e barocca.
Nell'antico refettorio sono esposti reperti che documentano la vita quotidiana dei monaci. La sala dedicata al tempo della preghiera raccoglie arredi sacri che documentano la liturgia monastica.
La sala dedicata alle compagnie ricostruisce la storia di queste antiche forme di associazionismo attraverso gli aggetti appartenuti alla antica Compagnia del Santissimo Sacramento di Vaiano.
Nella sala dedicata alla religiosità popolare si espongono gli arredi, come la grande macchina processionale dorata, che in epoca barocca costitutivano l'apparato solenne di queste manifestazioni. Nella Cappella dell'Abate è ricostruitio il rito della Messa privata. Nello scrittoio sono esposte alcune edizioni originali delle opere di Agnolo Firenzuola che fu per alcuni anni abate di Vaiano.
Negli ambienti del monastero restaurati si trovano un ciborio quattrocentesco vicino a Antonio del Rossellino, il dipinto del Commiato di Cristo dalla Vergine riferito al pittore pistoiese Giacinto Gemignani.