La Chiesa di San Francesco a Bonistallo si trova a Poggio a Caiano, su una collina da cui si ammira uno splendido panorama su tutta la pianura.
Fu edificata nello stesso punto dove sorgeva l'antica chiesa di Santa Maria di Bonistallo, risalente al Duecento, che i Medici usavano come loro cappella personale quando soggiornavano nella vicina Villa Medicea Ambra di Poggio a Caiano. Nel 1600 venne costruita l'attuale chiesa e nel 1922 fu dedicata a San Francesco.
La chiesa di San Francesco si erge alta su un terrapieno, preceduta da un portico ottocentesco che conserva numerose lapidi. La chiesa a unica navata, coperta da una volta a botte ribassata, presenta un interno settecentesco.
Tra le opere conservate all'interno troviamo Gesù Cristo benedicente e i santi Francesco e Lorenzo, di Fra Felice da Sambuca, al secolo Gioacchino Viscosi, attivo in Toscana a partire dal 1777 e la Madonna del Rosario con i santi Domenico e Caterina, tela dipinta nel 1623 da Matteo Rosselli.