La storia della chiesa di San Iacopo ad Altopascio è cambiata nel 1988, quando sono stati rinvenuti i resti di un precedente edificio di culto, risalenti alla fine dell’XI secolo. Da questi – che comprendevano parte della facciata e dell’abside – si deduce che il tempio originario era di dimensioni inferiori rispetto a quello costruito nella seconda metà del XII secolo. La bella torre campanaria merlata è databile con precisione al 1280.
Nella seconda metà del Quattrocento furono effettuati importanti interventi di restauro, durante i quali fu sostituita la copertura della chiesa con una volta a crociera, fu rifatto il portale, così come venne nuovamente intonacato l’intero edificio e sostituito il pavimento. Risale al Cinquecento l'apertura di una porta sul lato sud, decorata con marmi colorati. Quando, tra il XVI e il XVII secolo, la popolazione di Altopascio crebbe, fu realizzato il fonte battesimale.
Tra il 1827 e il 1830 – dopo la chiusura dell’ospedale voluta dal Granduca Pietro Leopoldo – la chiesa venne completamente ricostruita, ne fu cambiato l’orientamento e l'edificio medievale venne trasformato nel transetto della nuova struttura. Andarono perduti l’altare e il pulpito, fu asportato il pavimento e furono distrutte le volte. Da allora l’edificio si presenta come lo vediamo oggi, anche se nel 1995, quando la piazza antistante l’antica facciata è stata ridisegnata, il complesso si è decisamente riqualificato.