La Chiesa di San Leone a Pistoia è uno dei più importanti gioielli del barocco in Toscana e viene chiamata anche Cappella Sistina Pistoiese per i suoi magnifici affreschi.
Le origini dell'edificio risalgono al 1379 quando fu sede dell'oratorio della congregazione dei sacerdoti secolari dello Spirito Santo di Pistoia. Il prestigio della congregazione accrebbe durante i secoli e le loro fortune economiche prosperarono tanto che nel Settecento ampliarono la proprietà acquistando i terreni attigui. In seguito i confratelli decisero di ingrandire la struttura della chiesa e decorarla nuovamente per renderla più ricca e vicina al gusto del tempo. I lavori furono affidati al pistoiese Raffaello Ulivi e in seguito, tra il 1753 e il 1764, Vincenzo Meucci vi lavorò, al fianco di Giuseppe Del Moro.
Nel 1764 le decorazioni furono completate da un artista bolognese, Mauro Tesi, che segna la transizione fra barocco e neoclassico con la raffinata volta a finti cassettoni a nido d’ape e i finti bassorilievi raffiguranti episodi evangelici dove interviene lo Spirito Santo.
Lo spazio interno venne completamente impreziosito con la pittura a finti marmi colorati di tutte le cornici architettoniche e questo inganna in maniera raffinata l’occhio dello spettatore che ha l’illusione di trovarsi in una elegante sala nobiliare.
I dipinti dei due altari laterali della navata, presenti ancora oggi, sono seicenteschi e raffigurano a sinistra l’Ascensione di Stefano Marucelli per la famiglia Bronconi, a destra la Resurrezione di Cristo di Giovanni Lanfranchi per la famiglia Arfaruoli. I blasoni delle due famiglie committenti sono visibili nei plinti degli altari.
Nel 1773, dopo 400 anni di vita, la congregazione fu trasferita e l’oratorio passò al seminario vescovile: è in questo frangente che la chiesa assunse la dedica a San Leone Magno, il patrono del seminario.