All’interno della chiesa si possono ammirare alcune splendide pitture murali di Filippo di Antonio Filippelli tra cui il Martirio di San Sebastiano del 1484, a cui lavorò anche Bernardo Rosselli. Da non perdere il più antico sepolcro cavalleresco di Toscana, ossia la lastra sepolcrale di Gherarduccio Gherardini morto nel 1331, antenato della Monnalisa.
All’esterno rimangono i quattro pilastri di sostegno del Battistero, che era situato davanti alla facciata della chiesa e aveva una forma ottagonale. Molto particolari le decorazioni dei capitelli che raffigurano il tau, segni cosmici e la croce.
Nei locali adiacenti si trova l’Antiquarium che raccoglie parte del materiale archeologico ritrovato nel territorio circostante. Si tratta di un piccolo museo che conserva urne funerarie in alabastro del periodo ellenistico, ceramiche attiche a figure rosse e una serie di ceramiche basso medievali e rinascimentali tipiche dell'area fiorentina, oltre ad alcuni cippi funerari etruschi e un idoletto pagano.