Tra le opere più significative l'affresco staccato del Cristo in pietà di Masolino da Panicale, risalente al 1424, ma anche la Madonna col Bambino di Giovanni Pisano del 1280, proveniente dalla sacrestia della Collegiata, e la Madonna con Bambino di Mino da Fiesole, che era posizionata nella controfacciata della Collegiata.
E ancora la Madonna dell'Umiltà di Lorenzo Monaco, del 1404, proveniente dalla Chiesa di San Donnino e la Madonna introno di Filippo Lippi, del 1430.
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