Il Museo Napoleonico della Misericordia di Portoferraio è attiguo alla chiesa della Misericordia, eretta nel 1677, e raccoglie i cimeli del periodo d'esilio di Napoleone all'Isola d'Elba.
Il percorso museale è suddiviso in tre sale: nella prima si trovano una statua in marmo del Trecento attribuita a Tino di Camaino (scuola pisana) che raffigura una Madonna con Bambino, ma anche alcune tele del XVII e XVIII secolo con volti di Santi ed immagini sacre. Interessanti anche il primo statuto dell'Arciconfraternita della Misericordia (1566), un prezioso antifonario (1676), ma anche ex voto, paramenti, arredi ed oggetti sacri, la testimonianza degli oltre quattro secoli di vita dell'Istituzione.