Il Museo della Collegiata di San Giovanni Battista si trova nel Palazzo dell'Arciprete, nel centro storico di Chianciano Terme. Nato come Sala d'arte antica nel 1923, raccoglie un discreto nucleo di arredi sacri, tele e tavole che vanno dal XIII al XIX secolo e sono di proprietà della parrocchia, dell'amministrazione comunale e di altre chiese della zona.
Si segnalano un grande crocifisso del Trecento di Segna di Bonaventura, una Madonna lignea della scuola di Nicola Pisano, un bellissimo polittico con Madonna e Santi del Maestro di Chianciano.
Interessante anche una piccola tavola dipinta da altare, raffigurante San Giovanni Battista che sostiene Chianciano del XVI secolo, che mostra l'antico aspetto del paese. Sono esposte inoltre varie tavole, tele, argenterie e paramenti sacri che vanno dal Duecento all'Ottocento.