Caratterizzato dalla presenza di un grande lago artificiale, uno dei più grandi d’Europa, Vagli di Sotto è conosciuto per l’esistenza del cosiddetto paese fantasma di Fabbriche di Careggine, sommerso dalle sue acque profonde.
In territorio dell’alta valle del Serchio (chiamata anche dell’Edron), nel primo millennio avanti Cristo, era popolata dai Liguri-Apuani che basavano la loro economia sulla pastorizia e sull’agricoltura. Attorno al IV secolo a.C. anche gli Etruschi si stabilirono qui, come testimoniato dai ritrovamenti archeologici in località Bivio.
Nell’alto Medioevo la Garfagnana era controllata prima dai Bizantini e poi dai Longobardi, che ne fecero un importante distretto militare. È proprio in questo periodo che cominciarono ad apparire i nomi dei paesi ubi dicitur Vallibus.
Intorno al XI secolo Vagli era controllata dai Nobili di Careggine, ghibellini e alleati durante le lotte fra Lucca e Pisa con quest’ultima. Nel 1371 Alderigo degli Antelminelli consegnò a Lucca i comuni garfagnini che aveva conquistato. Nel 1451 le tre frazioni del Comune di Vagli di Sotto furono inserite tra le terre del nuovo controllo Estense, la cui dominazione si protrasse in questa zona per secoli.