Due di esse si fronteggiano sulla riparatissima baia di Portoferraio: la villa della Linguella, sulla parte terminale della Darsena, era dotata di un acquedotto privato e decorata da ricchi pavimenti a mosaico; più volte ampliata dal I sec. a.C. al III sec. d.C., è oggi in gran parte occupata dalle strutture militari cinquecentesche.
La villa delle Grotte, del I sec. a.C., molto ampia e articolata, scendeva con più livelli di giardini verso il mare, dove possedeva un proprio imbarco; sul luogo, si possono ammirare alcune mura in opus reticulatum e parti di mosaico ed è ancora ben visibile la pisicina con le strutture per riscaldarne le acque. Da qui forse proviene un'ara votiva, dedicata ad Ercole, conservata al Museo Archeologico di Portoferraio.
La terza, la villa di Cavo del I-II sec. d.C., che si ergeva nella zona orientale dell'isola a terrazze digradanti, con pavimenti in mosaico, è in parte inserita in costruzioni più recenti, ma si vede ancora la conduttura per l’acqua collegata al vicino colle. Oltre al ferro, i Romani sfruttarono le cave di pregiato granito, utilizzato anche nel Pantheon e nel Colosseo. Di queste attività restano ancora, presso le cave ed i vicini luoghi d’imbarco, i resti di manufatti come alcune colonne a Seccheto e una piccola nave presso Cavoli, forse d'età cristiana.