A differenza del Bioparco, i laghetti e torbiere appenniniche sono invece visitabili liberamente.
Il Lago Squincio è posto sul confine fra la Toscana e l'Emilia, in corrispondenza del Passo del Lagastrello (da non confondersi con il più grande lago artificiale Paduli). La flora in esso presente conta poche specie, ma alcune entità sono interessanti e rare, in particolare un tipo di ranuncolo, il giunco bulboso o certe carici. Le più belle fioriture sono quelle della calta e del trifoglio fibrino assieme alla beccabunga e alla menta acquatica.
Presso il Passo del Cerreto si trovano altri laghetti: il lago Lungo e il lago Padule. Il primo mostra è caratterizzato da comuni fitocenosi a canneto e a mazzasorda. Il poco distante lago Padule, più ampio, ha una flora più ricca, con alcune specie di carici in più, equiseti, giunchetti, la mestolaccia e la salcerella. Interessante la presenza di gruppi di salici e di sfagnete che ospitano una rarissima pianta insettivora, la rosolida.