Nell'orto sono stati ricostruiti tutti gli ambienti montani locali: un giardino di rocce sia arenacee che calcaree per le specie di tutti gli ambienti rupestri tipiche della zona; su silice troviamo le genziane, i mirtilli, il raro rododendro, i gigli di montagna ecc.; sul calcare i semprevivi, la globularia, oltre a campanule e ginestre. Una grande roccia offre anche la possibilità di osservare molti tipi di muschi e licheni. Infine un laghetto-torbiera ospita le specie igrofile montane come la calta, il veratro, gli eriofori nonché molte rarità come la viola palustre e piccole piante insettivore come la pinguicola.
La riserva di Campolino protegge uno degli ultimi boschi di abete rosso in Appennino: questo albero, infatti, è molto diffuso sulle Alpi, ma ormai rarissimo sugli Appennini, dopo essersi ritirato verso nord in seguito alle glaciazioni e perché abbattuto per ricavarne un legno particolarmente pregiato. L'area raggiunge anche le aree cacuminali con praterie e brughiere ricche di fiori in primavera, come genziane e viole.
La riserva dell'Abetone tutela invece boschi d'alto fusto di faggio e abete bianco, dove si incontrano anche l'acero montano e l'acero riccio.
La riserva di Pian degli Ontani è caratterizzata da dense faggete un tempo cedue, oggi avviate all'alto fusto. Numerosi sono gli alberi monumentali della zona, come l'abete bianco nel bosco della Crocina presso l'Abetone, l'acero montano della piazza della chiesa di Cutigliano, il castagno e il faggio di Roncacce, nel comune di Cutigliano.