Nella seconda metà del Settecento comincia ad affermasi una produzione locale legata alle famiglie Tronci e Agati. I fratelli Antonio e Filippo Tronci furono i capostipiti di una progenie di organari che, con l’acquisizione nel 1883 della ditta Agati, assunsero il monopolio della produzione in città. Giuseppe Vallardi nel suo Itinerario d'italia o sia descrizione dei viaggi per le strade più frequentate alle principali città d'Italia (1824), sottolineava l’alto livello raggiunto da questo tipo di produzione e la sua centralità nell'economia locale: “In Pistoia si fabbricano dei buoni Organi e la manifattura del ferro serve alla sussistenza di una gran parte del popolo basso”.
Il lavoro dei Tronci e degli Agati era conosciuto ben oltre i confini regionali. Scrive Umberto Pineschi: “I Tronci e gli Agati costruirono non solo per la Toscana e le altre regioni italiane, ma anche per la Corsica e per il sud est della Francia, per il Medio Oriente e per l’America Latina. Organi pistoiesi furono istallati, per esempio, al Teatro Costanzi di Roma, nella basilica del Santo Sepolcro a Gerusalemme e al teatro Colon di Buenos Aires. Se il primo ed il terzo sono scomparsi, quello di Gerusalemme, però è tuttora al suo posto”.
Agli inizi del Novecento l’arte organaria cominciò pian piano a scomparire: le cause della decadenza si possono individuare nelle minori disponibilità finanziare per la musica nelle chiese e i nuovi orientamenti artistici dei musicisti attratti da spartiti non eseguibili con i tradizionali organi italiani. Gli strumenti vennero trascurati oppure lasciati a se stessi: l’incuria, la polvere e la volontà di liberare alcuni spazi all’interno delle chiese determinarono anche la scomparsa di alcuni gioielli come quello della Madonna dell’Umiltà di Pistoia, sostituito ingloriosamente da un organo elettrico.
La rinascita degli organi storici di Pistoia cominciò negli anni Settanta con il restauro dello strumento della chiesa di San Niccolò ad Agliana, che indusse molti a guardare con occhi diversi ai vecchi organi dimenticati da anni. Nel 1975 nacque a Pistoia l’Accademia di Musica Italiana per Organo, prima nel suo genere in Italia, a cui aderirono organisti provenienti da tutto il mondo che volevano cimentarsi sugli strumenti che via via venivano recuperati.
L’iniziativa fu presa da Umberto Pineschi, organista della Cattedrale di Pistoia, che propose la creazione di un’associazione per promuovere la conoscenza e lo studio dell'organo italiano e della sua letteratura, con speciale riguardo alla scuola pistoiese. L'associazione assunse, come simbolo, l'organo Willem Hermans (1664) della chiesa dello Spirito Santo e nel 2001 il nome fu cambiato in Accademia d'organo "Giuseppe Gherardeschi". Ogni anno l’Accademia organizza corsi, festival e concerti seguiti da un pubblico sempre più numeroso, desideroso di scoprire una tradizione musicale che la modernità rischiava di cancellare per sempre.