La Cripta è rimasta nascosta per più di sette secoli prima di essere portata alla luce grazie a una delle più importanti scoperte archeologiche: un grandioso ciclo pittorico risalente al XIII secolo.
Il Museo dell'Opera del Duomo ospita numerose opere un tempo collocate dentro la cattedrale e alcuni importnanti tesori dell'arte italiana, come la famosa Maestà di Duccio di Buoninsegna – la più grande pala d'altare mai dipinta – la Rosa d'Oro del Bernini, la Madonna col Bambino di Donatello e il Crocifisso di Pisano.
Ultimo, ma non meno importante, il Facciatone, ciò che rimane dell'imponente progetto del 1339, volto all'ampliamento della Cattedrale, e abbandonato nel 1348 per problemi economici e statici. Dalla sua terrazza panoramica la vista sulla città e sulla campagna circostante toglie il fiato!
