La vegetazione di Capraia assume quasi ovunque l’aspetto tipico della macchia mediterranea. Le specie più comuni tra gli arbusti sono il mirto, il corbezzolo, l'erica e i cisti, in particolare il cisto di Montpellier, fortemente odoroso nelle giornate calde di sole. Presso il porto si ha un interessante popolamento di oleandro, l’unico spontaneo in Toscana, particolarmente apprezzabile in estate, durante la fioritura.
Grande interesse ha inoltre lo Stagnone, specchio d’acqua piovana posto sul crinale principale dell’isola, in una conca naturale: è l’unico laghetto di questo tipo nelle isole toscane ed annovera una flora interessante, con ranuncoli, giunchetti mazzesorde e il raro millefoglio.
Numerosi sono gli endemismi dell'isola, come il fiordaliso di Capraia o la linaria di Capraia.
La vegetazione dell'Elba è in gran parte caratterizzata dalla macchia di sclerofille sempreverdi, ma non sono rari boschi d'alto fusto: cedui di leccio e, localmente, anche di latifoglie decidue (sul versante settentrionale del Monte Capanne); notevole interesse hanno in particolare i boschi di castagno nella zona a monte di Marciana, che ospitano anche rari esemplari di tasso e di agrifoglio. Sono frequenti anche le pinete di origine artificiale, con pino domestico e d'Aleppo, anche se negli ultimi anni sono state distrutte da numerosi incendi, a cui ha fatto seguito l'espansione della macchia mediterranea.
Particolarmente pregiata è la flora del Monte Capanne, che supera i 1000 m pur essendo vicinissimo al mare: vi si trovano specie tipiche delle montagne toscane come il giglio di S. Giovanni, il tulipano selvatico, il croco corsico, diverse orchidee numerosi endemismi come la viola dell'Elba, il fiordaliso dell'Elba , la ginestra dell'Elba, il pancrazio illirico.
Nei pressi di Rio, sul versante orientale dell’Isola d'Elba, a 160 m di quota sul fianco del Monte Serra, si trova l’Orto dei Semplici, che occupa i terreni dell'antico Eremo di Santa Caterina. In un contesto naturale di macchia mediterranea, l’Orto ospita prevalentemente piante di uso medicinale, ma anche specie spontanee e naturalizzate dell'Arcipelago toscano.
Lo splendido Giardino dell’Ottone sorse nei primissimi anni del '900 ad opera di un facoltoso personaggio, il dott. Garbari, appassionato di botanica. Come altri giardini analoghi in Liguria e in Toscana (fra i quali quello dell'Ottonella, poco distante, ma non visitabile), il giardino dell'Ottone conserva moltissime piante esotiche frutto degli esperimenti di adattamento al clima elbano operati dal dott. Garbari.